পিসিওএস রোগটির জিনগত প্রবণতা দেখতে পাওয়া যায়, এবং বাবা ও মা দুজনের থেকেই অটোজমাল ডমিনেন্ট জিন হিসাবে এটি পরবর্তী প্রজন্মে বাহিত হয়। রোগীদের শরীরে অধিক মাত্রায় এন্ড্রোজেন (পুরুষ হরমোন) উপস্থিত থাকে, বিশেষত টেস্টোস্টেরন। এই হরমোনগুলি ডিম্বাণুচক্রের বিন্যাসে ব্যাঘাত ঘটায় এবং বিভিন্ন উপসর্গের সৃষ্টি করে। হরমোনগুলির ফলে ফলিকলের বিকাশ বাধাপ্রাপ্ত হয়। এই অপরিণত ফলিকলের জন্যই ডিম্বাশয়কে দেখে মনে হয় তা তরলপূর্ণ সিস্টে ভর্তি।