মায়ের গর্ভের ভেতরে ভ্রূণের প্রাথমিক বিকাশের সময় অভ্যন্তরীণ পরিবেশে বিশৃঙ্খলা হলো সবচেয়ে সাধারণ কারণ। অন্যান্য বিষয়গুলি হলো: সংক্রমণ গর্ভবতী মায়ের ক্ষতিকারক ওষুধ নেওয়া গর্ভবতী মায়ের ধূমপান বা অ্যালকোহল গ্রহণ করা সামাজিক-জনসংখ্যা এবং পরিবেশগত কারণ অন্যান্য কারণগুলি হলো: ত্রুটিপূর্ণ জিন এবং ক্রোমোজোম কনজেনিটাল হার্ট ডিফেক্টের পারিবারিক ইতিহাস বাবা মায়ের অসুস্থতা শিশুকেও কনজেনিটাল হার্ট ডিফেক্টের ঝুঁকিতে রাখে।