শিল্পবর্জ্য বুড়িগঙ্গার পানিদূষণের অন্যতম কারণ। ঢাকায় অবস্থিত বিভিন্ন শিল্প-কারখানা যেমন- রং ও প্লাস্টিক শিল্প, বস্ত্র শিল্প, লৌহজাতীয় ধাতু, ওষুধ প্রভৃতি শিল্প হতে নির্গত বর্জ্যসমূহ পয়ঃনিষ্কাশন লাইনের মাধ্যমে বুড়িগঙ্গার পানিতে মিশেছে। ক্ষতিকর রাসায়নিক উপাদানে গঠিত এসব শিল্পবর্জই বুড়িগঙ্গার পানিকে দূষিত করছে।